要するにロボットアニメでスポ根ものをやっているという感じなのですが、この最初部分で見るのを投げ出してしまった人にはこの作品の本当の姿は見えていなかったのではないかと思います（私もあやうく第１話で投げ出すところでした）。
これまた衝撃的な内容の作品だったりするのです。そして、今ではすっかりお気に入りとなっている田中公平先生の音楽と出会ったのがこの作品でした。

この「トップをねらえ！」にしても第４話で明らかになるのですが、人類とは銀河という生命に発生した病原菌で、宇宙怪獣はその病原菌を滅ぼすための免疫抗体という設定なのです。
「人類の活動による銀河への恩恵は何一つない。」というセリフは非常に心に残っています。当時、まだ今ほど環境問題が注目されていなかった時代ですので、尚更そう思ったのでしょうね。

だが、人類は生き残るため、太陽系外縁部まで来た宇宙怪獣の大集団を倒すべく、その場所にブラックホールを作り出し太陽系の惑星数個を道連れに消滅させます。
さらに宇宙怪獣の本拠地である銀河系中心部へ木星を核とするブラックホール爆弾を送り込みます（これが銀河系中心部周辺に設置された 3,000 個におよぶブラックホール爆弾の起爆スイッチにもなっています）。銀河系の中心部を宇宙怪獣の巣ごとブラックホールで飲み込んでしまおうというのです。
計画名は「カルネアデス計画」…有名な「カルネアデスの舟板」から取られた名前です。ご存知ない方は別途調べてみてください。
計画担当者は問います。「果たして人類にそんな権利があるのでしょうか…。」
爆弾を運ぶ者は答えます。「私にも分かりません。でも今やらなければならないことは生き延びるための努力です。」…やっぱり努力と根性のスポ根ものだと再認識(笑)。

そしてラスト、億を超える宇宙怪獣の猛攻を受けながらもブラックホール爆弾はついに起動します。しかし猛攻によるダメージで起爆は失敗。
そこへ自分のエンジンを暴走させて起爆させると主役の２人が乗るマシンが爆弾内部へ入っていきます。無人機を送り込んで起爆させる時間的な余裕はすでになかったのです。
「奇跡は起きます、起してみせます！」…本作品の名セリフですね。
光すら脱出できないブラックホール中心部からの脱出、事象の地平面ギリギリの位置から光速に近い速度で脱出しないといけないため何年先へ跳ばされるかはまったく分からない（光速で動く物体の時間は非常にゆっくり進む）。
「もうみんなと同じ時は過ごせない。」「でもみんなは同じ時を過ごせる…。」
そして爆弾は作動し、銀河の中心部は消滅します。

２人が跳ばされたのは１万２千年後。そして人類は…。